分子醫學研究所，隸屬國立成功大學醫學院，成立於民國八十七年八月。

今日之醫學研究，在基礎醫學，尤其是分子生物學，與臨床醫學的結合之下，很多疾病之病理發生機轉業已晉升到分子之層次，單基因疾病正逐漸揭開疾病之病因，多基因疾病〈如高血壓、糖尿病〉亦正在加速研究中。配合人類基因計劃 (Human Genome Project) 二十一世紀的人類醫學將大為明瞭疾病之致病機轉，進而可以防治及改善治療。本校醫學中心期望經由此一新的分子醫學研究所之建立，進一步提升本校醫學研究，尤其是臨床醫學研究之水平。

本校醫學中心臨床醫學部份，現於附設醫院九樓設有臨床研究中心(Clinical Research Center) ，由院方提供整個樓層做為臨床研究之需。為提高各相關領域之研究水平及整合領導現有臨床及基礎研究人員，亟需成立一個以疾病為導向的分子醫學研究所，以做為重點結合臨床與基礎研究的領導中心。

本校醫學中心與英國由諾貝爾得主 Sir John R. Vane博士主持之 The William Harvey Research Institute (WHRI)之間，針對心血管疾病之分子機制研究，有互助合作之研究計畫。於民國八十四至八十五年間，由本中心派遣臨床與基礎研究人員共三人前往進修。本所之成立，可以直接或間接的協助進修人員返國後貢獻所學，維持與WHRI之間的合作關係。

本校醫學中心經由國家衛生研究院群體計畫之支持，在心血管、癲癇症及癌症之研究已有相當之基礎，期望因本所之設立，將此方面之研究提升到分子層次。